Toen de tijden van het heidendom voorbij gingen, toen het christendom ophield te worden vervolgd en werd erkend als een wereldreligie, leek het erop dat alle meningsverschillen moesten worden opgelost. Maar soms konden alleen oecumenische concilies opkomende conflicten oplossen, ketterse leringen weerleggen - er was zelfs geen vrede binnen de kerk.
Het eerste oecumenische concilie was het concilie van Nicea, bijeengeroepen in 325. De reden hiervoor was de wijdverbreide leer van de Alexandrijnse presbyter Arius. De essentie was om de identiteit tussen God de Vader en God de Zoon te ontkennen. Hij betoogde dat Jezus Christus door de Heer is geschapen, maar niet zijn incarnatie is. Een dergelijk idee weerlegde fundamenteel alle dogma's van het christendom, en daarom werd de leer van Arius aanvankelijk verworpen door de lokale raad. De trotse priester weigerde echter de beslissing van het Concilie als legitiem te erkennen en bleef de gelovigen voor zich winnen.
Toen nodigde keizer Constantijn bisschoppen van over de hele wereld uit voor het Oecumenische Concilie in het kleine stadje Nicea (nu Iznik genaamd en gelegen op het grondgebied van het moderne Turkije). Sommige vertegenwoordigers van de kerk die aanwezig waren, droegen sporen van marteling op hun lichaam,ontvangen in de naam van het ware christendom. Bisschoppen die Arius steunden waren ook aanwezig.
Het debat duurde meer dan twee maanden. Gedurende deze tijd waren er veel discussies, toespraken van filosofen, verduidelijkingen van theologische formuleringen. Zoals de legende vertelt, maakte de manifestatie van een goddelijk wonder een einde aan het gekibbel. Als eenheid van drie principes gaf hij een voorbeeld van een kleischerf: water, vuur, klei geven één geheel. Evenzo is de Heilige Drie-eenheid in wezen één God. Na zijn toespraak verscheen er vuur uit de scherf, verscheen er water en vormde zich klei. Na zo'n wonder verwierp het Concilie van Nicea uiteindelijk de valse leer van Arius, excommuniceerde hem uit de kerk, keurde de geloofsbelijdenis goed en stelde 20 regels voor kerkdiscipline vast, bepaalde de datum voor de viering van Pasen.
Maar deze kerkenraad heeft hier geen einde aan gemaakt. De controverse duurde heel lang. Zelfs nu zijn hun echo's nog steeds te horen - het arianisme vormde de basis van de leringen van Jehovah's Getuigen.
Naast het Concilie van 325 was er ook het Tweede Concilie van Nicea, bijeengeroepen door keizerin Irene van Constantinopel in 787. Het doel was om de beeldenstorm die toen bestond af te schaffen. In feite deed de keizerin twee pogingen om een oecumenisch concilie bijeen te roepen. Maar in 786 vielen de bewakers die de beeldenstormers ondersteunden de Tempel van de Heilige Apostelen in Constantinopel binnen, waar het Concilie begon te werken. De heilige vaders moesten zich verspreiden.
Na aanzienlijke trucs te hebben gebruikt, de oude garde te ontbinden en nieuwe troepen te rekruteren, riep Irina niettemin de kathedraal bijeen in787, maar verplaatste het van Constantinopel naar Nicea. Zijn werk duurde een maand, na de resultaten werd de verering van iconen hersteld, ze werden toegelaten in kerken.
Maar zelfs dit Concilie van Nicea heeft zijn doel niet volledig bereikt. Beeldenstorm bleef bestaan. De beeldenstormbeweging werd uiteindelijk pas in 843, op het Concilie van Constantinopel, verslagen.